Ultrasuodatustekniikkaa voidaan käyttää lääkkeiden erottamiseen ja puhdistamiseen, pyrogeenin poistoon ja sterilointiin, erityisesti antibioottien ja vitamiinien erotuksessa ja uuttamisessa. Jotkut tutkijat ovat ehdottaneet ultrasuodatus/uuttomenetelmää, joka ratkaisee pohjimmiltaan emulgointiongelman antibioottiuutossa ja parantaa uuttosaantoa ja tuotteen laatua.
Tällä hetkellä aktiivihiilen adsorptiota käytetään yleisesti pyrogeenien poistamiseen ginsenosidi-injektioiden valmistuksen aikana. Tällä menetelmällä on haittoja, kuten huomattava kokonaissaponiinien menetys ja korkeat tuotantokustannukset. Ultrasuodatus puolestaan poistaa tehokkaasti pyrogeenit ginsenosidi-injektioiden valmistuksen aikana ja vähentää samalla ginsenosidien kokonaishävikkiä. Se on yksinkertainen, luotettava ja tehokas. Ultrasuodatusteknologiaa on käytetty myös raivotautirokotteen valmistuksessa syntyneiden bakteeriendotoksiinien poistamiseen, mikä vähentää antigeenin häviämistä ja näytteen rikastumista, mikä täyttää rokotetuotannon vaatimukset.